Actualmente la Universidad de Atacama cuenta con 2 programas de magíster en el área educativa. El primero es un programa académico que tiene como objetivo formar investigadores e investigadoras capaces de generar conocimientos y resolver problemáticas relevantes del área educativa, generando estrategias para enfrentarlos, el segundo es un programa profesional cuyo objetivo es formar profesionales especializados con conocimientos actualizados que fortalezcan competencias y propicien la resolución de problemáticas educacionales, con capacidad para transformar o generar nuevos escenarios educativos en el ámbito laboral. Ambos programas están adscritos a la Facultad de Humanidad y Educación por medio de la Unidad Académica del Departamento de Educación Básica.
